办法要求，未来，北京市科委将根据需求调研情况，凝练服务国家创新战略和北京经济社会发展的重大科技任务，分解提出北京市科技计划项目(课题)年度目标，形成重大专项工作和重点支持领域，通过公开择优、定向择优等方式，确定项目主持单位和课题承担单位。市科委会同市财政局等部门按照各自的职责分工，对项目(课题)经费的使用进行监督，建立健全共同遴选、委托第三方审计机构开展经费审计的工作机制，加强科研项目经费审计结果的共享和应用。
北京市科委对项目(课题)参与主体实施全过程信用管理。市科委在项目或课题立项、实施、验收、绩效评价等各环节，建立对主持单位、承担单位、项目或课题负责人、项目管理专业机构、咨询专家等主体的信用记录，并根据记录进行信用评价，作为此后项目立项、科技经费安排、项目管理专业机构和咨询专家遴选等的重要依据，并与科技经费结余资金使用、监督管理等挂钩。同时将科研信用纳入全市社会信用体系，实现信用信息共享共用。
对于在项目(课题)立项、实施、执行和验收(结题)过程中出现的弄虚作假、徇私舞弊、剽窃他人科技成果、侵犯他人知识产权等科研不端行为，以及违规操作或因主观原因未能完成项目、课题任务并造成损失的主持单位、承担单位或个人，市科委将视情节轻重采取通报批评、暂停项目、课题拨款、终止执行、追回已拨资金或取消单位、个人一定期限内的申报资格等措施。对于违反财经法律法规的行为，将按相关法律法规处理、处罚，构成犯罪的，移交司法机关依法处理。
